SHY: Tokyo Dakkan-hen

Selepas pertarungan melawan Amarariruku yang dipimpin Stigma, Shy pulang ke Jepang dengan keberanian yang mulai tumbuh. Di sana ia bertemu Ai Tennouji, gadis yang meninggalkan desa ninja demi memburu salah satu anggota kelompok tersebut. Pertemuan itu segera berkembang menjadi krisis besar ketika Tokyo mendadak diselimuti bola hitam dan lenyap dari pandangan. Bersama para pahlawan lain, Shy harus menembus ancaman yang mengurung ibu kota sekaligus menghadapi pergulatan hati yang menjadi pusat kekuatan kawan maupun lawan.